Der Jesuiten-Flüchtlingsdienst engagiert sich seit Anfang 2014 besonders in Bayern im Bereich Kirchenasyl. Ansprechpartner zu diesem Arbeitsbereich sind Br. Dieter Müller SJ und Stefan Keßler. Seit 2017 ist Dieter Müller auch stellv. Vorsitzender der BAG Asyl in der Kirche.